Trong bối cảnh và tâm thế “động viên những nỗ lực lớn lao của toàn Đảng, toàn quân, toàn dân, ở cả hai miền, đưa cuộc chiến tranh của nhân dân ta lên bước phát triển cao nhất”, trước mắt là lãnh đạo cuộc tổng tiến công và nổi dậy Xuân Mậu Thân 1968. Thực hiện chủ trương của Khu ủy V, tháng 11-1967, tỉnh Quảng Đà và thành phố Đà Nẵng sáp nhập thành Đặc khu Quảng Đà , đồng chí Hồ Nghinh được Thường vụ Khu ủy V chỉ định làm Bí thư Đặc khu ủy Quảng Đà, đồng chí Trần Thận làm Phó Bí thư.
Sau cuộc tổng tiến công và nổi dậy Xuân Mậu Thân năm 1968, địch tổ chức nhiều cuộc phản kích quyết liệt vào nông thôn, đồng bằng vào vùng căn cứ gây cho ta nhiều khó khăn, tổn thất. Trước tình hình đó, cuối năm 1968, cơ quan Đặc khu ủy chuyển từ Điện Hòa, huyện Điện Bàn về đứng chân tại Hòn Tàu.
Hòn Tàu là một dãy núi giáp ranh giữa các huyện Duy Xuyên, Nông Sơn và Quế Sơn ngày nay, diện tích gần 100 km², có nhiều núi hiểm trở, như: núi Nhà Muỗi, núi Cù Hang, núi Mặt Rạng; có nhiều hang động chứa được nhiều người, làm nơi sinh hoạt, hội họp. Từ Hòn Tàu nhìn xuống đồng bằng Quảng Nam rất rõ và nếu nhìn từ Đà Nẵng lên thì nơi đây như một bức bình phong vòng cung che chắn thành phố biển từ phía Nam và Tây Nam. Đáng lưu ý, Hòn Tàu nối liền với vùng núi Tây Quảng Nam, hình thành vùng căn cứ địa liên hoàn, khi cần thiết có thể rút lui an toàn. Với vị trí chiến lược đó, Hòn Tàu đã được Đặc Khu ủy Quảng Đà chọn làm căn cứ cách mạng trong 7 năm cuối cuộc chiến chống Mỹ.
Trong thời gian 1968 - 1971 cơ quan Đặc khu ủy chia thành 2 bộ phận:
- Bộ phận tiền phương (bộ phận phía trước), đóng ở núi Nhà Muỗi, dựa vào các hang đá nhỏ để làm việc. Bộ phận tiền phương chịu trách nhiệm theo dõi, chỉ đạo phong trào 2 chân, 3 mũi giáp công ở đồng bằng, theo dõi chỉ đạo phong trào đấu tranh ở Đà Nẵng.
- Bộ phận phía sau: (gọi là Căn cứ A7, đứng ở ranh giới giữa huyện Đại Lộc và huyện Nam Giang) là nơi diễn ra các cuộc hội nghị, sơ kết, tổng kết và tổ chức Đại hội của Đảng bộ.
Phát huy những kết quả đã được trong cuộc tổng tiến công nổi dậy Xuân Mậu Thân năm 1968, Trung ương Cục miền Nam và Khu uỷ V chỉ đạo các chiến trường tích cực chuẩn bị mọi mặt để mở đợt tiến công Xuân Kỷ Dậu 1969, đánh vào các đô thị địch chiếm đóng. Chiến dịch Xuân Kỷ Dậu bắt đầu từ đêm 22 rạng ngày 23-2-1969 kéo dài và kết thúc vào cuối tháng 3-1969, trên chiến trường Quảng Đà quân ta tiêu diệt và làm bị thương hơn 16.000 tên Mỹ, ngụy và Nam Triều Tiên. Có thể nói, tiếp theo sau Tổng tấn công và nổi dậy Xuân Mậu Thân 1968, chiến dịch Xuân Kỷ Dậu đã đánh mạnh vào tận hang ổ của địch, gây cho chúng những thiệt hại to lớn.
Sau chiến dịch Xuân Kỷ Dậu 1969, thực hiện sự chỉ đạo của Ban Thường vụ Khu ủy, tháng 8-1969, Nghị quyết Hội nghị Đặc khu ủy chỉ rõ: “Chống bình định, giành quyền làm chủ của nhân dân, nắm chắc dân, mở rộng và xây dựng vùng của ta là nhiệm vụ trung tâm, thường xuyên của các cấp ủy Đảng bộ”. Nghị quyết nhấn mạnh: “Chống bình định là sự nghiệp của quần chúng. Các Đảng bộ và cơ quan lãnh đạo các cấp phải tin quần chúng, dựa vào quần chúng, phát huy sức mạnh tiềm tàng và vô địch của quần chúng, tổ chức lãnh đạo quần chúng đoàn kết đấu tranh quyết liệt với địch bằng phương châm “2 chân, 3 mũi giáp công” thì mới giành được thắng lợi”. Đặc khu ủy cũng chỉ đạo khắc phục khó khăn về lương thực, vận động nhân dân, nhất là vùng Xuyên Trà, Xuyên Hiệp đóng góp lương thực cho cách mạng. Nhờ vậy đến đầu năm 1970, Quảng Đà đã giải quyết những khó khăn trước mắt, nạn đói được ngăn chặn, cơ sở chính trị ở vùng ven và nội đô khôi phục dần, lực lượng du kích ở vùng giáp ranh, vùng căn cứ lõm hoạt động trở lại, một số nơi lực lượng du kích có thể tiến công địch.
Trước tình hình mới của phong trào cách mạng, tháng 12-1971, Hội nghị Đặc Khu ủy Quảng Đà đã quyết định chuyển toàn bộ các cơ quan của đặc khu từ khu ở A7 xuống khu vực Hòn Tàu, chỉ để lại bộ phận sản xuất tự túc. Việc chuyển toàn bộ cơ quan Đặc khu ủy Quảng Đà về đứng chân tại Hòn Tàu có ý nghĩa hết sức quan trọng. Đây là địa điểm thuận lợi, có vị trí chiến lược là gần đường giao thông nối liền với cơ quan Khu ủy V (từ giữa năm 1973, cơ quan Khu ủy V chuyển từ Nước Oa, xã Trà Tân, huyện Trà My về đóng ở Phước Trà, Hiệp Đức). Từ đây, tất cả các cơ quan của Đặc khu ủy đứng chân tại Hòn Tàu, như: Văn phòng, Ban Tuyên huấn, Tổ chức, Kiểm tra, Trường Đảng, các cơ quan của Ủy ban nhân dân cách mạng Đặc khu, An ninh, Y tế, Lương thực, Giao bưu, các đoàn thể Thanh niên, Phụ nữ... Hòn Tàu cũng là nơi đóng Sở chỉ huy của Bộ Tư lệnh Mặt trận 4.
Có thể thấy rằng, việc các cơ quan của Đặc khu ủy, Ủy ban nhân dân cách mạng Đặc khu về đóng tại Hòn Tàu, nên việc tổ chức những cuộc họp, hội nghị được triển khai thận lợi, việc chỉ đạo phong trào được kịp thời, tập trung hơn từ đó các chủ trương được triển khai một cách nhanh chóng, kịp thời. Mặt khác, các địa phương, các ngành trong tỉnh đến báo cáo tình hình, xin ý kiến chỉ đạo của Ban Thường vụ Đặc khu ủy cũng thuận lợi và kịp thời.
Trong giai đoạn này, tại căn cứ Hòn Tàu, Ban Thường vụ Đặc khu ủy đã có sự lãnh đạo, chỉ đạo kịp thời, sáng suốt hai sự kiện lịch sử quan trọng, đó là:
- Chỉ đạo việc giữ đất, giành dân sau khi Hiệp định Paris. Sáng 27-01-1973, khi Hiệp định Paris được ký kết, Ban Thường vụ Đặc khu ủy Quảng Đà đã họp và quyết định nhiều chủ trương quan trọng, nhất là việc giữ đất, giành dân khi hiệp định có hiệu lực. Đây là chủ trương sáng suốt và kịp thời vì dự báo tình hình sau Hiệp định Paris sẽ diễn biến phức tạp, địch sẽ không tuân thủ những nội dung đã ký kết. Nhờ sự đánh giá và chủ trương trên, nhìn chung quân và dân Quảng Đà cơ bản giữ được thế cho phong trào. Sau khi có Nghị quyết 21 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Ban Thường vụ đã chỉ đạo chuyển hướng nhiệm vụ, tập trung sức xây dựng lực lượng đánh bại âm mưu bình định lấn chiếm của địch, xây dựng vùng giải phóng thành hậu cứ vững chắc để chuyển qua thế tiến công chiến lược. Sang năm 1974, Ban Thường vụ Đặc khu ủy đã tập trung chỉ đạo một cách quyết liệt, động viên cao nhất lực lượng của cả tỉnh phục vụ cho chiến dịch Hè và Thu, đặc biệt là trận tiến công tiêu diệt chi khu quân lỵ Thượng Đức.
- Một sự chỉ đạo có tính bước ngoặt của Ban Thường vụ Đặc khu ủy từ Hòn Tàu là chỉ đạo giải phóng Đà Nẵng ngày 29-3-1975. Ngày 18-3-1975, từ Hòn Tàu, đồng chí Trần Thận – lúc này là Bí thư Đặc khu ủy lên cơ quan Khu ủy V để nhận lệnh giải phóng Đà Nẵng. Từ ngày 22 đến 25-3-1975, Đặc khu ủy đã họp quán triệt mệnh lệnh của Khu ủy V, đồng thời thảo luận kế hoạch tấn công và nổi dậy. Đặc biệt là công tác tư tưởng phát động quần chúng nội thành nổi dậy, hình thành thêm một số tiểu đoàn, trung đoàn mới áp sát, tiếp cận thành phố. Ngày 28-3, toàn bộ các cơ quan của Đặc khu ủy và các ban, ngành tiến về Đà Nẵng, ngày 29-3-1975 thành phố Đà nẵng được hoàn toàn giải phóng.
Để có được thắng lợi vẻ vang, trong những năm đứng tại Hòn Tàu, chúng ta cũng chịu nhiều hy sinh tổn thất. Tại đây, bọn địch cũng thường xuyên dùng máy bay rải truyền đơn, kêu gọi chiêu hồi, hòng làm lung lay tư tưởng cán bộ, lực lượng vũ trang của ta. Ác liệt hơn, chúng liên tục ném bom đánh phá gây cho ta chịu nhiều tổn thất. Nhiều đồng chí lãnh đạo của Đặc khu ủy và hàng trăm cán bộ các cơ quan, ban, ngành đã anh dũng hy sinh.
Có thể nói tại chiến khu Hòn Tàu, Đặc khu ủy Quảng Đà đã hoàn thành sứ mệnh lịch sử của mình đó là lãnh đạo quân và dân tỉnh nhà tiến hành thắng lợi cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước. Việc chọn Hòn Tàu làm nơi đứng chân hoạt động, chỉ đạo phong trào cách mạng của Đặc Khu ủy Quảng Đà đã thể hiện việc nắm vững quan điểm về xây dựng căn cứ địa cách mạng trong chiến tranh cách mạng của cha ông ta, đó là: Thiên thời, địa lợi, nhân hòa. Chiến tranh đã lùi xa, nhưng bài học về xây dựng căn cứ địa cách mạng nói chung, trong đó có căn cứ Hòn Tàu vẫn luôn mang tính thời sự, nhất là trong việc xây dựng thế trận phòng thủ để bảo vệ chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ của đất nước trong giai đoạn hiện nay.